Согласно законом 1998 г. общее и оперативное руководство возлагается на правление банка (по закону 1979 г. на главе банка стояла политический совет), состоящий из девяти человек (в состав политического совета входило семь членов), а политический совет отменяется. Председатель и два его заместителя назначаются Кабинетом Министров по согласию обеих палат парламента. Шесть членов правления назначает Кабинет Министров с лиц, имеющих определенный опыт и знания в сфере экономики и финансов (по закону 1979 г. - управляющий Банка Японии, уполномоченные правительством министр финансов, представитель планово-экономического управления и четыре представителя крупнейших монополий).
Срок их полномочий составляет пять лет (было четыре). На заседаниях правления в случае необходимости могут присутствовать представители правительства (они имеют право подавать на рассмотрение правления свои предложения).
Японии, штаб-квартира которого расположена в Токио, имеет 45 филиалов и отделений в Японии, а также представительства в Нью-Йорке, Лондоне, Париже, Франкфурте-на-Майне и в Гонконге.
Банк имеет неограниченную монополию на выпуск банкнот. Основная его задача - поддерживать ценовую стабильность, чтобы способствовать сбалансированному развитию национальной экономики. Это достигается благодаря разработке и проведению соответствующей денежно-кредитной политики, выпуска наличных денег.
